1997年香港回歸祖國計始，佛教界帶來一番新的景象。7月1日，香港大球場內四萬信眾參與「香港佛教界慶祝回歸祈福大會」，展現了香港佛教聯合會的號召力和組織力，亦為1998年立法會通過將佛誕列為香港公眾假期注入了力量。1999年，香港市民享有首個佛誕公眾假期，為隆重其事，佛教界迎來北京靈光寺的國寶佛牙舍利供奉。佛牙舍利蒞港與2004年佛指舍利蒞港、2012年佛頂骨舍利蒞港，被視為香港佛教界三大盛事，締造數百萬人入場瞻仰的紀錄。

　　大力弘展佛法之餘，佛聯會亦因應社會變化而開展了一系列的身心靈服務。在「身」的照顧方面，2008年底開展了中醫服務，現時有6間診所及服務站：香港佛教聯合會─香港大學中醫臨床教研中心（2008）、香港佛教聯合會張經泰伉儷紀念中醫流動診所（2012）、香港佛教聯合會紹根法師綜合中醫服務中心（2013）、正行中醫服務站（2013）、香港佛教聯合會慈濟中醫診所（2014）、香港佛教聯合會青山寺中醫服務中心（2017）。每年為數萬個基層市民提供免費或廉宜的中醫藥服務。

　　在心靈關顧方面，2012年在會屬學校推展「佛化德育及價值教育科」；2016年開展「覺醒禪修：提升身心靈健康」計劃；2017年起在香港佛教醫院開展佛教身心靈關顧服務，設「善士」駐院為病人及家屬服務。

　　在教育方面，持續開辦新學校，包括佛教茂峰法師紀念中學（1998）、佛教慈光幼稚園（2001）、佛教陳榮根紀念中學（2008）及佛教陳策文伉儷幼稚園（2015）。